El control interno provee amplios beneficios a la institución. Proporciona a los responsables de los procesos operativos una mayor confianza respecto del cumplimiento de sus objetivos, brinda retroalimentación sobre qué tan eficaz es su operación y ayuda a reducir los riesgos asociados con el cumplimiento de los objetivos institucionales.

Se deben considerar diversos factores de costos relacionados con los beneficios esperados al diseñar e implementar controles internos. La complejidad de la determinación del costo-beneficio depende de la interrelación de los controles con los procesos operativos. Cuando los controles están integrados con los procesos operativos, es difícil aislar tanto sus costos como sus beneficios.

La administración debe decidir cómo evaluar el costo- beneficio del establecimiento de un control interno apropiado mediante distintos enfoques. Sin embargo, el costo por sí mismo no es una razón suficiente para evitar la implementación de controles internos. Las consideraciones del costo-beneficio respaldan la capacidad de la institución para diseñar, implementar y operar apropiadamente un control interno, que equilibre la asignación de recursos en relación con las áreas de mayor riesgo, la complejidad u otros factores relevantes.