El ISIE tiene claramente definidos sus objetivos y las variaciones aceptables en el cumplimiento de los mismos en los siguientes documentos:

• El Programa Institucional de Mediano Plazo, que es el documento que establece el Objetivo Estratégico del ISIE y las Líneas de Acción para conseguirlo y se encuentra debidamente alineado al Plan Nacional de Desarrollo y al Plan Estatal de Desarrollo . Programa Institucional de Mediano Plazo.
• Anualmente a través del Programa Operativo Anual, se tienen establecidos los Objetivos y Metas específicas de cada Unidad Administrativa. Programa Operativo Anual.